Рудиментами называются органы, которые не имеют никакой функции или имеют функцию, отклоняющуюся от их строения. Полагают, что у подобных органов можно установить несоответствие структуры и функции, то есть, у этих органов структурные издержки кажутся чрезмерно большими для выполняемой ими функции. Утрата функции или ограничение функциональной способности интерпретируются в рамках эволюционной теории как потеря функции в ходе эволюции.
Птицы, рептилии и некоторые млекопитающие обладают третьим веком, прозрачной мигательной перепонкой. Предохраняя глаз, она тянется из его внутреннего угла через все глазное яблоко. При полете птиц мигательная перепонка функционирует, как стеклоочиститель. "Рудиментарная" мигательная перепонка у человека выполняет задачу сбора инородных тел, которые попадают на глазное яблоко, она связывает их в углу глаза в клейкую массу. Оттуда они могут быть, легко удалены.
Копчик человека необходим для укрепления мускулатуры таза, которая держит внутренние органы малого таза и тем самым делает возможной вертикальную походку. Подвижность, которой копчик обязан своему происхождению в онтогенезе из позвоночного столба, имеет решающее значение для процесса родов.
Структуры, которые по стечению обстоятельств образовались у отдельных индивидуумов одного вида и которые призваны напомнить о предполагаемых более ранних филогенетических стадиях развития, называются атавизмами (лат. atavus - прапредок). В этих случаях говорят о кризисе в ранее пройденных историко-родовых стадиях. В качестве примеров атавизмов у человека приводят фистулы в горле, слишком выраженный волосяной покров, хвостики и многососковость.. Как и "рудименты", атавизмы не являются доказательствами в пользу прогрессивной эволюции. К тому же, явно очевидно, что приводимая аргументация появления атавизмов отличается непоследовательностью. Деформации (пороки развития) рассматриваются только как доказательства предполагаемого филогенеза, (то есть, интерпретируются как атавизмы), если в них проявляется сходство с предполагаемыми предками затронутых этим явлением организмов. Если быть последовательными, то следовало бы исторически интерпретировать все явления деформации, к примеру, разветвленные ребра, и заячью губу, и явление шестипалости, и образование двух голов: и появление пятой ноги.